Программа ориентирована на решение социально-экономических и научно-технических задач привлечения и активное участие вузовских коллективов в структурной перестройке производства, преобразованиях в экономике края. Алтайский научно-образовательный комплекс определен координатором деятельности ВУЗов, научных учреждений по разработке и реализации программы «Алтай-ВУЗ». Функции научного и технического руководства программой возложены на Экспертный Совет при главе администрации края по выработке экономической и социальной политике. Научным руководителем программы утвержден Валерий Миронов, ректор АГУ, член-корреспондент Российской Академии наук.