Данное учреждение учреждено постановлением администрации края от 12 октября 1999 года в соответствии с Законом Алтайского края «О порядке управления объектов права собственности Алтайского края» с целью организации и упорядочения работы по управлению и функционированию свободной экономической зоны «Алтай».
Данным постановлением Главному управлению экономики и инвестиций администрации края поручено создать Алтайское государственное учреждение инвестиций (АГУИ), выступив его учредителем; до 1 декабря 1999 года разработать и представить на утверждение главе администрации края смету расходов по содержанию АГУИ; разработать проект закона о внесении соответствующих изменений и дополнений в закон о СЭЗ «Алтай».
