По словам Юрий Прощалыкина, вопрос антитеррористической безопасности был одним из приоритетных направлений в работе органов внутренних дел Сибирского федерального округа в 2003 году. Результатом работы стало повышение уровня антитеррористичекой защищенности: как отметил Прощалыкин, в 2003 году в Сибири терроризм "не был допущен".
Юрий Прощалыки также отметил, что, по его мнению, для более эффективной борьбы с терроризмом в России граждане страны "должны поступиться частью своих конституционных прав", в частности, приняв участие в создании широко обсуждаемой в последнне время системы персонального учета населения. По мнению Юрия Прощалыкина, снятие у граждан отпечатков пальцев или идентификация граданина по голосу позволила бы более успешно бороться, например, с телефонным терроризмом.
При этом, отвечая на вопрос одного из СМИ о внедрении более прогрессивных методик - вживлении чипов, Юрий Прощалыкин отметил, что подобного рода методики продразумевает финансовые затраты, что, однако, не отметает возможность использования МВД РФ чипов в будущем.