Новая, уже барнаульская "табачка" была образована приказом наркома пищевой промышленности СССР от 11 сентября 1941 года. Причиной размещения ее в Барнауле стал факт его нахождения на железнодорожной ветке (Турксиб), соединяющей Алтай и Среднюю Азию, являвшуюся в то время основным поставщиком сырья для табачно-махорочной промышленности. Тем же приказом предписывалось разместить табачное производство на базе Барнаульского водочного завода (пр. Сибирский, 35) и начать выпуск продукции с декабря.
Несмотря на серьезные трудности, Барнаульская табачная фабрика (БТФ) вступила в частичную эксплуатацию с января 1942-го, а в первые месяцы выпускала только желтый курительный табак сорта "Любительский". Всего за 1942 год было выпущено 11,6 млн. папирос и 337,2 тонны табака. Все время существования у фабрики была проблема обеспеченности сырьем. Причем не только табачным. Простои случались из-за отсутствия папиросной бумаги, этикеток и фанеры для тарных ящиков. В ноябре 1941 года во Фрунзе был командирован работник фабрики для отбора и отгрузки табака различных сортов, в декабре 22,6 тонны прибыли в Барнаул. В дальнейшем основными поставщиками сырья были Киргизская, Казахская, Узбекская республики.
Из этого сырья на БТФ выпускали папиросы высшего сорта ("Ароматные", "Казбек", "Алтайские", "Сибирь", "Делегатам съезда", "26 лет Красной Армии", "Гвардейцам-алтайцам", "Вперед, за Родину!", "Барнаул"); первого сорта А ("Беломорканал", "Боевые", "Планер"); первого сорта Б ("Славным бойцам Красной Армии") и второго сорта А ("Обь"). Кроме папирос в перечень продукции фабрики входил курительный табак высшего сорта А ("Самсун"), высшего сорта Б ("Краевой"), первого сорта А ("Любительский"), второго и третьего сортов. Отдельно выпускался махорочный табак. Произведенная продукция поступала в армию, а также продавалась на рынках края.
По штату численность рабочих и служащих на БТФ должна была составлять 120 человек, фактически же работало 92. Нехватка по всем категориям, однако некоторые работники периодически мобилизовались на лесозаготовку и в сельское хозяйство.
1943-й стал одним из самых успешных в истории фабрики. Систематически перевыполнялся план, выпуск продукции вырос на 96%. Всего же за год было выпущено 71,6 млн. папирос и 548 тонн табака. В своем письме бойцам 56-й гвардейской Смоленской дивизии рабочие фабрики сообщали, что сверх плана было выпущено продукции более чем на 1 млн. руб. (1,6 млн. папирос и 173 тонны табака), которая поступила в особый фонд Верховного Главнокомандования.
В 1943 году фабрика четыре раза завоевывала первенство во всесоюзном coцсоревновании предприятий НКПП (народного комиссариата пищевой промышленности), получала премии, отмечалась НКПП и ВЦСПС как хорошо работающее предприятие. Но в 1944-м резко сбавила обороты. За весь год было выпущено только 35 тыс. папирос и 164 тонны табака. Причина заключалась в недопоставке сырья и его низком качестве. В конце 40-х годов руководители пищевой отрасли СССР приходят к выводу о нецелесообразности дальнейшего существования табачной фабрики в Барнауле, в мае 1950 г. она была ликвидирована. Ее образование было продиктовано исключительно требованиями военного времени. Никаких объективных предпосылок к развитию такой отрасли в городе не существовало. Страна переходила к восстановлению разрушенного войной народного хозяйства, прекратилось существование множества предприятий, деятельность которых была признана нерентабельной в мирное время.
