Дирекция агентства разместится в Кемерове. В Томске же будет действовать общественный комитет этого агентства.
Работа по его созданию, в которой участвовали специалисты министерства окружающей среды Франции, Кемеровской, Новосибирской, Томской областей велась более двух лет. Новая модель управления рекой создана по аналогии с бассейновым агентством реки Сена. Ее принципиальное отличие от традиционной российской схемы заключается в ином механизме сбора средств за загрязнение воды и их использования: за воду больше платит тот, кто больше ее загрязняет, а деньги идут не в бюджет, как сейчас, а накапливаются для последующего финансирования работ по экологии реки.