Основные задачи центра: участие в реализации программ и проектов в области охраны окружающей среды и природных ресурсов, привлечение внебюджетных средств для реализации программ и проектов, организация научно-исследовательских работ, научно-техническое и финансовое содействие в создании системы экологической безопасности и экологического контроля, участие в мероприятиях по предупреждению и ликвидации последствий экологических аварий и катастроф.