Кроме охраны территории заповедника, его природных комплексов и объектов, госинспекторы ведут дневники наблюдений, в которых отражают изменения, происходящие в природе. По словам начальника охраны Александра Казанцева, охрана заповедника проводится бригадным методом, в рейды уходят группы не менее двух человек, которые патрулируют по намеченным маршрутам. Территория заповедника разбита на четыре участка по 30−40 тыс. га каждый (Усть-Кокса, Мульта, Верхняя Катунь и Капчала). В текущем году фактов браконьерства на территории заповедника пока обнаружено не было, хотя и не исключается возможность охоты в весенний период в верховьях Катуни (со стороны Республики Казахстан). Для усиления охраны этого участка в текущем году в урочище Устье Тургеня будет достроено зимовье. Нахождение на территории заповедника без разрешения его дирекции является нарушением заповедного закона и влечет за собой, согласно ст. 36 Закона РФ «Об особо охраняемых природных территориях» наложение административного взыскания. Так, в прошедшем году во время рейдов было выявлено 11 правонарушителей, на которых составлены протоколы. Уже в этом году проведено 5 совместных рейдов с районной службой охотрыбинспекции, выявлено одно нарушение изъято гладкоствольное ружье. Кроме того, в весенний период в заповеднике проводится охрана и рыбных запасов.
