В расчетно-кассовом центре РА таможня, как подразделение федеральных органов, проводит операции только с российской валютой. Перечисления в конвертируемой валюте осуществляются через «Мостбизнесбанк» (г. Москва), для чего государственным таможенным комитетом России был проведен конкурс, в результате которого к «Мостбизнесбанку» прикрепили все таможни Западной Сибири. По сообщению отдела таможенных платежей горно-алтайской таможни, прохождение денежных средств через РКЦ национального банка пока не вызывало никаких нареканий. Вопрос чаще всего возникает по отношению к местным коммерческим банкам участникам внешнеэкономической деятельности. Среди них такие банки, как «Ирбисбанк», «Шонкор-ОЛБИ», «Горный Алтай» на них были заведены дела о таможенных нарушениях. В частности, банки допустили ряд нарушений таможенного законодательства, вовремя не растамаживали или не декларировали товары. В результате расследований было выяснено, что комбанки имеют недоимку в госбюджет, исчисляющуюся крупными суммами.
