Краевая чрезвычайная эпидемиологическая комиссия под руководством заместителя главы администрации Якова Шойхета, рассматривая вопрос о мерах по сохранению Айского озера и прилегающих территорий, отметила, что загрязнение воды озера Ая и почвы прилегающей территории сточными водами и нечистотами продолжается. Недавно проведенная экологическая экспертиза обнаружила серьезные недостатки в эксплуатации объектов, находящихся вблизи уникального природного памятника Горного Алтая, каковым является озеро. Экологическая обстановка названа в отчетах угрожающей: в озеро сбрасываются промышленные и бытовые отходы, оно зарастает ряской, постепенно заболачивается. Одной из причин экологического неблагополучия является стоящий на берегу озера дом отдыха, принадлежащий АО «Полиэкс». Дело в том, что решение о сдаче дома отдыха в эксплуатацию до сих пор не подписано, так как не выполнены сооружения по очистке сточных вод. Однако дом отдыха функционирует с 1993 года. Канализование производится по временной схеме на выгреб, стены которого не забетонированы должным образом, и хозяйственно-фекальные стоки уходят в грунт, загрязняя почву, подземные воды и озеро, а в дальнейшем и питьевую воду. Алтайский маслосырзавод также сыграл свою неблаговидную роль в сложившейся ситуации. Велика и рекреационная нагрузка на озеро. Научные исследования по определению допустимой антропогенной нагрузки на озеро Ая до сих пор не проведены.
В результате сброса отходов, неконтролируемого туризма и практически полного отсутствия очистки акватории озера, водоем сильно загрязнен: прибрежное дно захламлено и обрастает тиной. По словам главы администрации Алтайского района Виктора Ретенко, вода «цветет» и на озере квакают лягушки.
На совещании было принято решение приостановить действие дома отдыха АО «Полиэкс», ряд корпусов которого не подключено к коллектору, решить вопрос о проектировании и строительстве очистных сооружений, а материалы по нанесенному экологическому ущербу передать в прокуратуру края. Краевой комитет экологии и природных ресурсов должен произвести оценку допустимой антропогенной нагрузки на озеро Ая.