В январе 2002 стал главой Республики Алтай. В феврале 2006, вскоре после того, как истекли полномочия на посту главы Республики Алтай, Михаил Лапшин был назначен сенатором от Омского законодательного собрания.
Михаил Лапшин, находясь на должности главы Республики Алтай, стал инициатором многих законопроектов, в том числе о поддержке сельских жителей, малого предпринимательства, и прочих социальных проектов. Его политика была направлена на ликвидацию долгостроев в республике, на возрождение строительного комплекса в нашем регионе. Социальная политика Михаила Лапшина во многом опередила время. Приоритетность ее направлений совпала с национальными проектами, обозначенными президентом России для реализации по всей стране.