Депутат был убит неизвестными 12 февраля в подъезде собственного дома, нанесшими ему пять ножевых ранений.
На следующий день после трагических событий, 13 февраля, депутаты созвали чрезвычайную сессию. В числе прочих депутаты рассмотрели вопрос об увековечении в Бердске имени Ногина. Поступило два предложения: переименовать одну из городских улиц или установить мемориальную доску на доме, где в последнее время жил погибший.
По мнению, высказываемому городскими СМИ, причина убийства в том, что Иван Ногин как никто другой был активен в борьбе с преступностью. Местные наблюдатели никогда не причисляли 69-летнего отставного старшину-десантника к стойким последователям какой-либо политической линии. Для большинства бердчан Иван Ногин был борцом с несправедливостью и вне политики.
С его именем связывают массу громких процессов. Буквально накануне он выступал в суде в качестве общественного обвинителя по делу Валерия Амфидиади, директора санатория «Речкуновский», филиала АО «Санаторная корпорация «Новосибирск». Амфидиади обвиняется в присвоении денежных средств (около 600 млрд рублей в ценах 1994 года), которые перечислялись якобы на нужды санатория, однако через бухгалтерию проходили по фиктивным документам.
Еще Ногина связывают с делом В. Сысоева, генерального директора АО «Сибантрацит». Во-первых, именно Ногин написал депутатский запрос, который, безусловно, был учтен, когда облпрокуратура возобновила уголовное дело о неосторожном убийстве в отношении г-на Сысоева. Во-вторых, Ногин был автором письма представителю президента по Новосибирской области, после которого Игорь Шмидт добился того, чтобы обладминистрация отменила свое решение о неравном обмене госпакета акций АО «Сибантрацит» на акции вновь создаваемого АО «Сибинвестантрацит».
Ногин был убит ножом. Информированные работники УВД считают, что так не мог поступить профессиональный киллер, выбирающий обычно огнестрельное оружие. Ножом обычно пользуются уголовники.
Гроб с телом погибшего был установлен в одном из самых больших зданий города кинотеатре «Орион», и горожане не помнят, какое другое событие за последние десятилетия собирало столько народа. Тысячи жителей Бердска в течение почти трех часов нескончаемым потоком шли отдать дань памяти и уважения погибшему депутату.
