Как сообщили сотрудники краевого комитета по экологии и природным ресурсам, целью создания новой организации является оказание всесторонней помощи особо охраняемым природным территориям, экологическое просвещение, привлечение внимания населения к проблемам, существующим у заповедников. Предполагается также, что центр «Заповедники» будет способствовать местным высшим учебным заведениям в организации и проведении исследовательских работ на территории заповедников. Специалисты в разных областях знаний будут готовить фотовыставки о жизни заповедников, снимать видеофильмы, проводить семинары и издавать методические пособия. Для охраны заповедников от браконьеров планируется создание молодежных оперативных отрядов.
В настоящее время на территории Горного Алтая действуют 2 заповедника Алтайский и Катунский. Планируется также создание заповедника на территории одного из районов Алтайского края. Есть собственные особо охраняемые территории в Республике Тува (Упсу-нуурская котловина), Красноярском крае («Столбы»).