Как заявил пресс-секретарь крайкома движения «За подлинное народовластие» Александр Кусиков, многим участникам съезда интеллигенции не было понятно зачем его организаторы созывали учредительный съезд, поскольку председатель оргкомитета Юрий Чернышов заявил, что конгресс создан еще в октябре. Кроме того, у представителей движения, участвовавших в съезде, возникли претензии к организации и ведению съезда.
Во-первых, по словам Александра Кусикова, разослав приглашения на съезд, в том числе и в краевую организацию движения «За подлинное народовластие», организаторы за несколько дней заявили, что вместо 3 делегатов (многие общественные организации выдвинули именно по 3 делегата), должен быть только 1 делегат, хотя в приглашении регламент делегатов не был указан. Во-вторых, как сообщил Кусиков, оргкомитет хотел навязать съезду уже выбранную заранее мандатную комиссию, тогда съезд как основной орган взял управление в свои руки и голосованием выбрал и мандатную комиссию и президиум. Затем съезд, по свидетельству Александра Кусикова, решил, что организация алтайской интеллигенции будет не конгрессом, а движением «Народная интеллигенция за возрождение Алтая» и не будет иметь никакого отношения к Конгрессу интеллигенции России, а также избрал Совет движения, заместителем председателя которого выдвинули Юрия Чернышова, однако последний, по словам Кусикова, с горсткой своих сподвижников и с возгласом «Здесь одни коммунисты!» удалился с форума. По мнению Кусикова, обвинение в том, что в съезде участвуют одни коммунисты, не соответствует действительности, так как согласно регистрации в нем принимало участие всего 53 члена компартии.
