Аэропорт задолжал энергетикам свыше 1,5 млн руб. и не рассчитывался более трех месяцев. Владельцы предприятия признали долг, который, по их словам, возник в связи с проходящей реконструкцией аэропорта. Аэропорт Горно-Алтайска считается ключевым звеном в развитии транспортной инфраструктуры в связи с созданием с 2007 года на территории РА особой экономической зоны "Алтайская долина". В 2008 году он попал в федеральную целевую программу "Развитие гражданской авиации".
